Chính phủ Ngô Đình Diệm bắt đầu mở những cuộc tuần hành, in truyền đơn và bích chương từ giữa năm 1955 để phản đối việc hiệp thương và tổng tuyển cử với Việt Nam Dân chủ Cộng hòa chiếu theo Hiệp định Genève 1954.[4]

Mỹ-Diệm huy động mọi lực lượng quân sự, an ninh, hành chính, tình báo, thông tin tuyên truyền... thực hành cuộc càn quét, đàn áp toàn diện cả về quân sự, chính trị, tâm lý, kinh tế. Quân đội Ngô Đình Diệm gây ra những cuộc thảm sát đẫm máu ở Ngân Sơn, Chí Thạnh (Phú Yên), Chợ Được (Quảng Nam), Mỏ Cày, Bình Đại (Bến Tre),... Quân đội Ngô Đình Diệm mở nhiều cuộc hành quân càn quét quy mô lớn, dài ngày như các “chiến dịch Thoại Ngọc Hầu” kéo dài 9 tháng (5/1956-2/1957) ở 18 tỉnh miền Tây Nam Bộ, “chiến dịch Trương Tấn Bửu” trong 7 tháng (7/1956-2/1957) ở 8 tỉnh miền Đông Nam Bộ... để triệt phá cách mạng, tàn sát những người ủng hộ Việt Minh, khủng bố những người kháng chiến chống Pháp mà Ngô Dình Diệm gọi là cộng sản hoặc phần tử thân cộng sản. Mỹ-Diệm đã ban hành Luật 10-59 “đặt cộng sản ra ngoài vòng pháp luật”, cho thành lập trên khắp miền Nam những nhà tù, trại giam, trại tập trung để giam giữ những người bị tình nghi ủng hộ Việt Minh.[5]

Tại Thừa Thiên - Huế, năm 1956, khi quân Ngô Đình Diệm bắt dân làng xé bỏ lá cờ đỏ sao vàng, mở đầu chiến dịch "Tố cộng, diệt cộng", 1 em trai đã tiến đến trước mặt quận trưởng, dùng 2 tay trân trọng nâng lá cờ lên hôn và bất ngờ quấn lá cờ vào quanh người mình, đồng thời chỉ thẳng vào mặt tên quận trưởng, thét to: "Các ông muốn xé lá cờ này hãy xé cả xác tôi đi!". Quân lính xả súng bắn thẳng vào em bé. Trước khi bị bắn, em đã hô to "Hồ Chủ tịch muôn năm".[6]

Sang thời Đệ Nhất Cộng hòa, chiếu theo Điều 7 của Hiến pháp Việt Nam Cộng hòa 1956 thì "những hành vi có mục đích phổ biến hoặc thực hiện 1 cách trực tiếp hay gián tiếp chủ nghĩa cộng sản dưới mọi hình thái đều trái với nguyên tắc ghi trong Hiến pháp" nên chính phủ càng dựa vào đó bắt giam những người tình nghi là Việt Minh hoặc hợp tác với cộng sản.[7] Chính sách này được thực hiện thông qua Luật 10-59, 1 đạo luật "trị an", nhằm "trừng trị các hành động phá hoại an ninh quốc gia, tính mạng và tài sản của nhân dân, và quy định việc thiết lập các phiên tòa quân sự đặc biệt".[8]. Luật 10-59, được Quốc hội Việt Nam Cộng hòa thảo luận và phê chuẩn và Tổng thống Ngô Đình Diệm ký ban hành vào ngày 6/5/1959, tăng mức hình phạt cho những ai liên hệ đến chủ nghĩa cộng sản và mở những tòa án quân sự lưu động để xét xử bị cáo.[9]

Việt Nam Cộng hòa kêu gọi những người cộng sản đang hoạt động bí mật ly khai tổ chức, ra "hợp tác" với chế độ mới đồng thời cưỡng ép những người bị bắt từ bỏ chủ nghĩa cộng sản.[10] Dù vậy hệ thống tổ chức bí mật của Việt Minh vẫn tiếp tục tồn tại và phản kháng bằng cách tuyên truyền chống chính phủ, tổ chức những cuộc biểu tình chính trị gây sức ép lên chính phủ Việt Nam Cộng hòa.

Chính phủ Việt Nam Cộng hòa cũng tiến hành các chiến dịch tố cộng, diệt cộng, liên gia phòng vệ, dồn dân lập ấp chiến lược... một cách quyết liệt[11] không tính đến các đặc điểm tâm lý và quyền lợi của dân chúng cũng như hoàn cảnh lịch sử Việt Nam. Trong công chúng chính phủ cho truyền những khẩu hiệu "diệt cán trừ cộng" hoặc "dĩ dân diệt cán" để khuyến khích người dân tố giác người cộng sản nằm vùng.[12] Trong thời gian 1954-1960, có 48.250 người bị bắt giam vì tội danh "cộng sản".[13] Những biện pháp cứng rắn nhất được áp dụng, ví dụ ngày 16/8/1954, quân Việt Nam Cộng hoà đã nổ súng trấn áp đoàn biểu tình ở thị xã Gò Công, bắn chết 8 người và 162 người bị thương.[14]

Để tăng tính uy hiếp, Việt Nam Cộng hòa sử dụng cả máy chém để hành quyết phạm nhân. Nhiều vụ xử chém của Việt Nam Cộng hòa được diễn ra công khai trước dân chúng, đầu phạm nhân được đem bêu để cảnh cáo:

• Sách "The Vietnamese war: revolution and social change in the Mekong Delta" (Chiến tranh Việt Nam: cách mạng và thay đổi xã hội ở đồng bằng sông Cửu Long) của sử gia Elliot có dẫn 2 trường hợp bị hành hình công khai bằng máy chém tại tỉnh Mỹ Tho: một là Bảy Châu ở chợ Mỹ Phước Tây và hai là 1 người tên là Tranh ở chợ Bến Tranh.
• Báo The Straits Times (Singapore) ngày 24/7/1959 có bài viết tường thuật cảnh 1.000 người dân xem xử chém công khai ở Sài Gòn.[15]
• Báo Buổi sáng (Sài Gòn) ngày 12/10/1959 có đăng ảnh máy chém kèm chú thích “Đây là chiếc máy chém (ảnh) đã chặt đầu tên Cộng sản Võ Song Nhơn, ngay lập tức sau khi tòa tuyên án”[16]. 3 ngày sau, Báo Buổi sáng (Sài Gòn) ngày 15/10/1959 có đăng tin: “Theo một phán quyết của phiên xử vắng mặt của Tòa án Quân sự Đặc biệt ngày 02 tháng 10, Nguyễn Văn Lép, tức Tư Út Lép, một Việt Cộng, đã bị tuyên án tử hình. Cách đây một tuần, Lép đã bị sa vào lưới của Cảnh sát trong một khu rừng ở Tây Ninh. Bản án tử hình đã được thi hành … Hiện đầu và gan của tên tử tù đã được Hội đồng xã Hào Đước cho đem bêu trước dân chúng”[17].
• Tờ "Công báo" phát hành tại Sài Gòn ngày 23/5/1962 thông báo việc xử bằng máy chém diễn công khai bằng hàng tít cỡ lớn: "4 ÁN TỬ HÌNH - 1 giáo sư, 1 học sinh, 1 cựu binh nhì và 1 vô nghề nghiệp sẽ bị đoạn đầu bằng máy chém."[18].

Theo John Guinane, chỉ tính trong 1957-1959, đã có hơn 2.000 người bị Việt Nam Cộng hòa hành quyết với tội danh ủng hộ những người cộng sản, thường là bằng máy chém.[19]

Trong khoảng thời gian 1955-1960, theo số liệu của Việt Nam Cộng hoà, đã có 48.250 người bị tống giam,[20]. Theo 1 nguồn khác từ Mỹ, đã có khoảng 24.000 người bị thương, 80.000 bị hành quyết hay bị ám sát, 275.000 người bị cầm tù, thẩm vấn hoặc với tra tấn hoặc không, và khoảng 500.000 bị đưa đi các trại tập trung.[21] Điều này đã làm biến dạng mô hình xã hội, suy giảm niềm tin của dân chúng vào chính phủ Ngô Đình Diệm và đẩy những người kháng chiến (Việt Minh) vào rừng lập chiến khu.